员工辞职工资发放全勤奖补贴时，以下特殊情况或例外会影响处理结果：
1. 劳动合同及规章未约定全勤奖。若双方合同与公司规章均未提及全勤奖，该补贴就不属于法定或约定的劳动报酬。此时用人单位不发放全勤奖补贴合法，员工也难以通过法律途径主张，因缺乏明确依据。
2. 离职当月出勤不足整月且公司有特殊规定。若员工月中离职，出勤未达整月，而公司规章明确“仅对当月出勤满整月的员工发放全勤奖”且已公示，即便员工此前出勤无缺勤，用人单位也可依据该规定不发放全勤奖补贴。这种情况下，特殊规定优先于一般出勤情况判断，影响发放结果。
3. 用人单位经营困难与员工协商一致暂不发放。若用人单位确实经营困难，与员工就离职当月全勤奖发放达成书面协议（约定暂缓或减免部分），且协议是双方真实意思表示、不违反法律法规强制性规定，用人单位可按协议处理，员工不得单方面要求全额发放，协商结果会直接影响实际发放金额或时间。
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员工辞职工资发放全勤奖补贴是否合法，关键看是否符合全勤奖发放条件及劳动合同约定，不同情况结果不同：
1. 若劳动合同或公司规章明确约定全勤奖发放条件（如当月无缺勤、迟到早退等），且员工离职当月实际满足该条件，用人单位应支付全勤奖补贴。因全勤奖属于劳动报酬，符合约定条件即有权获得。
2. 若员工离职当月存在缺勤、迟到早退等，不符合劳动合同或规章中全勤奖发放条件，用人单位不发放全勤奖补贴合法。因全勤奖是对全勤行为的奖励，不符合条件自然无法获得。
3. 若劳动合同或规章未明确约定全勤奖发放条件或约定不清晰，用人单位不发放时，员工可主张该补贴属于应得工资，用人单位无故克扣可能违法。
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员工处理辞职工资发放全勤奖补贴时，需避免以下错误操作：
1. 未核实全勤条件就盲目主张。有些员工离职时，未仔细查看合同或公司制度中全勤奖发放条件，仅凭自认为全勤就要求发放，若实际存在缺勤等不符合条件的情况，主张可能不被支持，还浪费时间精力。
2. 忽视证据收集。员工未及时收集和保留离职当月考勤记录、工资条等关键证据，用人单位拒绝发放时，因无法提供有效证据证明自己符合条件，维权困难甚至失败。
3. 采取过激行为维权。部分员工协商未果后，采取旷工、破坏公司财物或在公司闹事等过激行为，不仅无法解决问题，还可能违反规章制度，甚至承担法律责任，对自己不利。若您不确定操作是否正确，或维权遇阻，可咨询我为您提供解答和帮助。
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员工辞职工资发放全勤奖补贴的合法性，可依据相关法律法规判断。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”全勤奖补贴若在劳动合同中有明确约定，或属于公司规章制度中规定的劳动报酬组成部分，其性质即属于劳动报酬。员工离职当月若符合全勤奖发放条件，用人单位应当按约定足额支付，不得无故克扣。若用人单位以员工辞职为由拒绝支付符合条件的全勤奖补贴，就违反了上述法律中“及时足额支付劳动报酬”的要求，员工有权通过法律途径主张。因此，员工符合全勤奖发放条件时，辞职工资中发放全勤奖补贴合法；反之，若不符合条件则可不发放，但需有明确约定或规定作为依据。

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